在煤層氣戰略選區項目的推動下，國務院辦公廳出臺了《關於加快煤層氣（煤礦瓦斯）抽采利用的若幹意見（國辦發〔2006〕47號）》等優惠政策，隨後國家有關部門相繼出臺了壹系列扶持煤層氣發展的優惠政策，促進了中國煤層氣產業發展。
壹、稅收、價格優惠政策
（1）增值稅優惠政策。國辦通〔1997〕8號規定：中外合作開采陸上煤層氣按實物征收5%的增值稅，不抵扣進項稅額；自營開采陸上煤層氣增值稅實行先征後返，即按13%的稅率征收，返還8個百分點。2007年1月1日以後調整為：對煤層氣抽采企業的增值稅壹般納稅人抽采銷售煤層氣實行增值稅先征後退政策；先征後退稅款由企業專項用於煤層氣技術的研究和擴大再生產，不征收企業所得稅。
（2）企業所得稅優惠政策。財稅字〔1992〕62號規定：從事合作開采石油資源的企業所得稅的規定，均適用於開采中國陸上煤層氣資源的企業；對中外合作開采煤層氣的企業所得稅實行二免三減半，即從開始獲利年度起，第壹年和第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅。
（3）關稅減免政策。國務院《關於調整進口設備稅收政策的通知（國發〔1997〕37號）》規定：自1998年1月1日起，對國家鼓勵發展的國內投資項目和外商投資項目進口設備，在規定範圍內，免征關稅和進口環節增值稅。
（4）煤層氣價格政策。國務院辦公廳1997年國辦通〔1997〕8號文件規定：煤層氣價格按市場經濟原則，由供需雙方協商確定，國家不限價。2007年4月20日，國家發展改革委發出加強民用煤層氣價格管理的通知，要求民用煤層氣出廠價格由供需雙方協商確定。現已納入地方政府管理價格範圍的，要積極創造條件盡快放開價格。
（5）煤層氣抽采利用設備加速折舊。2007年2月20日，財政部、國家稅務總局聯合下發《關於加快煤層氣抽采有關稅收政策問題的通知（財稅〔2007〕16號）》，要求對獨立核算的煤層氣抽采企業購進的煤層氣抽采泵、鉆機、煤層氣監測裝置、煤層氣發電機組、鉆井、錄井、測井等專用設備，統壹采取雙倍余額遞減法或年數總和法實行加速折舊，具體加速折舊方法可以由企業自行決定，但壹經確定，以後年度不得隨意調整；對獨立核算的煤層氣抽采企業利用銀行貸款或自籌資金從事技術改造項目國產設備投資，其項目所需國產設備投資的 40% 可從企業技術改造項目設備購置當年比前壹年新增的企業所得稅中抵免；對財務核算制度健全、實行查賬征稅的煤層氣抽采企業研究開發新技術、新工藝發生的技術開發費，在按規定實行100%扣除基礎上，允許再按當年實際發生額的50%在企業所得稅稅前加計扣除。
（6）煤層氣（煤礦瓦斯）開發利用補貼。2007年4月20日，財政部出臺《關於煤層氣（瓦斯）開發利用補貼的實施意見（財建〔2007〕114號）》規定：中央財政按0.2元/m3煤層氣（折純）標準對煤層氣開采企業進行補貼，補貼額度按照（銷售量＋自用量－用於發電量）×補貼標準進行計算。在中央財政補貼的基礎上，地方財政可根據當地煤層氣開發利用情況對煤層氣開發利用給予適當補貼，具體標準和補貼辦法由地方財政部門自主確定。
二、煤層氣資源管理優惠政策
（1）探礦權使用費。按以下幅度審核減免：第壹個勘查年度可以免繳，第二至第三個勘查年度減繳50%，第四至第七個年度減繳25%。
（2）采礦權使用費。按以下幅度審核減免：礦山基建期和礦山投產第壹年可以免繳，投產第二至第三年可以減繳50%，第四至第七年減繳25%，采礦結束當年免繳。
（3）礦區使用費。按陸地上常規天然氣對外合作規定交納（按氣田計算），即年度煤層氣產量不超過10×108m3，免征礦區使用費；10×108～25×108m3，交納1% 礦區使用費；25×108～50×108m3，交納2%礦區使用費；超出50×108m3，交納3%礦區使用費。
（4）資源使用費。對地面抽采煤層氣暫不征收資源稅。
三、鼓勵煤層氣利用的有關政策
煤層氣被列入1996年修改後的《資源綜合利用目錄（國經貿資〔1996〕809號）》。該文件規定：鼓勵利用煤礦瓦斯氣、煤層氣，並享受財稅字〔1994〕001號、國稅發〔1994〕008號、財稅字〔1996〕020號、財稅字〔1996〕021號等文件規定的優惠政策。
財稅字〔1994〕001號文件規定：列入《資源綜合利用目錄》內的資源作主要原料生產的產品的所得，自生產經營之日起，免征所得稅5年。
國稅發〔1994〕008號文件規定：關於印發固定資產投資方向調節稅“資源綜合利用、倉儲設施”稅目稅率註釋的通知，對煤層氣、煤礦抽放的瓦斯利用項目規定了固定資產投資方向調節稅實行零稅率，但不包括行政辦公和生活服務用房的投資。
國家發改委2007年4月印發《關於利用煤層氣（煤礦瓦斯）發電工作的實施意見》，提出煤層氣（煤礦瓦斯）電廠所發電量原則上應優先在本礦區內自發自用，需要上網的富余電量，電網企業應當予以收購，上網電價比照國家發展改革委制定的《可再生能源發電價格和費用分攤管理試行辦法（發改價格〔2006〕7號）》中生物質發電項目上網電價（執行當地2005年脫硫燃煤機組標桿上網電價加補貼電價）；煤層氣（煤礦瓦斯）電廠不參與市場競價，不承擔電網調峰任務。