根據《稅務行政應訴工作規則》第三十七條的規定，在質證過程中，稅務機關應當從以下三個方面對其他當事人提交的證據發表質證意見:
(1)質證證據的關聯性
證據與被訴行政行為之間是否存在法律或事實關系。
(2)對證據合法性的質證
1.證據來源是否合法；
2.證據形式是否合法；
3 .是否存在其他影響證據效力的違法情形。
(3)質證證據的真實性
1.證據內容是否真實；
2.證據是否為原件、原物，復印件、復制件是否與原件、原物壹致；
3.提供證據的主體或者證人是否與當事人有利害關系；
4 .是否存在影響證據真實性的其他情形。
稅務機關應當出具結論性意見，明確是否認可其他當事人提交的證據的證明目的。
經法庭許可，稅務機關可以向證人、鑒定人和檢查人員提問，並可以申請重新鑒定、調查或者檢查。法律依據:《稅務行政應訴工作規則》第三十七條。
在質證過程中，稅務機關應當從以下三個方面對對方提交的證據發表質證意見:
(1)質證證據的關聯性
證據與被訴行政行為之間是否存在法律或事實關系。
(2)對證據合法性的質證
1.證據來源是否合法；
2.證據形式是否合法；
3 .是否存在其他影響證據效力的違法情形。
(3)質證證據的真實性
1.證據內容是否真實；
2.證據是否為原件、原物，復印件、復制件是否與原件、原物壹致；
3.提供證據的主體或者證人是否與當事人有利害關系；
4 .是否存在影響證據真實性的其他情形。
稅務機關應當出具結論性意見，明確是否認可其他當事人提交的證據的證明目的。
經法庭許可，稅務機關可以向證人、鑒定人和檢查人員提問，並可以申請重新鑒定、調查或者檢查。