1.了解退稅政策:二次退稅操作前，企業需要詳細了解相關退稅政策法規，以及退稅的具體流程和要求；
2.準備退稅資料:企業需要準備相關的退稅資料，包括原始單據、進出口合同、發票、物流單據等。，以及經核證及註銷的退稅申請表；
3.提交退稅申請:企業需在規定時間內向海關或稅務局提交退稅申請表及相關退稅資料。企業在提交申請時，需要認真核對並填寫退稅信息，確保準確無誤；
4.審核退稅申請:海關或稅務局對企業提交的退稅申請進行審核，核實相關材料的真實性和合法性。符合條件的退稅申請，海關或稅務局予以批準，並通知企業進行第二次退稅操作；
5.進行二次退稅操作:企業在獲得退稅審批後，需要在規定時間內進行二次退稅操作。具體操作包括辦理退稅手續，繳納相關稅款，領取退稅憑證；
6.提交退稅憑證:企業需要向海關或稅務局提交退稅憑證，證明企業進行了第二次退稅操作。海關或稅務局會審核退稅憑證，核實企業第二次退稅操作是否符合要求。
第二次退稅的後果:
1.審核風險增加:二次退稅可能會引起稅務機關的懷疑和審核，企業需要提交更多的證明材料，審核難度加大，審核周期相應延長；
2.違法風險加大:如果企業通過虛構退貨或折扣申請二次退稅，將涉嫌違法。壹旦被發現，將面臨稅務部門的行政處罰，如罰款、吊銷營業執照等。
3.對企業聲譽的影響:頻繁申請二次退稅可能會給稅務機關留下企業經營不規範、信用差的不良印象，影響企業聲譽和信譽；
4.降低企業效率:二次退稅需要企業花費更多的人力、物力、財力進行準備和申請，會影響企業的經營效率和正常的經營活動。
綜上所述，二次退稅要求企業按照規定的程序和要求進行操作，準備好相關的退稅材料，在規定的時間內提交退稅申請。
法律依據:
《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十壹條
稅務機關發現後，應當立即退還納稅人多繳納的稅款；納稅人自匯算清繳稅款之日起三年內發現的，可以請求稅務機關退還多繳稅款並加計銀行同期存款利息，稅務機關及時核實後應當立即退還；涉及退庫的，應當依照有關國庫管理的法律、行政法規的規定退還。