1、首先需要下載個人所得稅APP，首次使用個稅APP的需要註冊賬號並且綁定銀行卡；
2、登錄個人所得稅APP，提前將專項附加扣除填報好，納稅人可以享受子女教育、繼續教育、贍養老人、住房租金、住房貸款利息和大病醫療等6個專項扣除，如果納稅人有這6項支出，可以在稅前收入中扣除；
3、填報好專項附加扣除後，點擊“綜合所得年度匯算”進入到“申報詳情”的界面，按照提示完成申報操作；
4、填報的收入和扣除信息無誤後，點擊“下壹步”開始計算稅款，系統會自動計算出本年度綜合所得需要補繳或退還的稅額；
5、確認結果後，點擊“申請退稅”，按照提示添加銀行卡信息，最後點擊“確定”，等待審核處理完成退稅。個人所得稅申請退稅流程操作完成後，大概10個工作日退稅金額就會到賬指定銀行卡，如有其他情況以當地官方具體說法為準。
個人所得稅六項扣除如下：
1、子女教育支出扣除，子女接受全日制學歷教育的相關費用支出，每個子女可扣除1000元/月，扣除方式：父母（或法定監護人）分別扣除50%；父母（或法定監護人）選擇其中壹方全額扣除；
2、繼續教育支出，納稅人國內接受繼續教育的，在教育期間可扣除400元/月，同壹學歷繼續教育的扣除期限不得超過48個月，納稅人接受技能人員職業資格繼續教育支出、專業技術人員職業資格繼續教育支出，在取得相關證書的當年，可扣除3600元。
3、大病醫療支出，在壹個納稅年度中，納稅人通過醫療保險報銷後個人負擔費用部分累計超過15000元的，在80000元限額內可以據實扣除。
4、住房貸款利息支出，本人、配偶單獨或者***同使用商業貸款、住房公積金貸款為本人、配偶購買住房，發生的首套住房貸款利息支出，可扣除1000元/月，扣除期限不得超過240個月，也就是20年。納稅人只能享受壹次首套住房貸款的利息扣除，扣除方式：納稅人未婚，本人扣除，納稅人已婚，夫妻雙方可選擇由其中壹方扣除；或雙方各扣除50%。
5、住房租金支出，納稅人在主要工作城市沒有房子而發生的房租租金支出，可以扣除，直轄市、首府城市、計劃單列市和國務院確定其他城市，可以扣除1500元/月，市轄區戶籍人口超過100萬的城市，扣除1100元/月，市轄區戶籍人口不到100萬的城市，扣除800元/月；
6、贍養老人，有贍養義務的子女贍養壹位及以上60歲（含）父母及子女均已去世的祖父母、外祖父母的費用支出，可以扣除，扣除標準：2000元/月，扣除方式：獨生子女，本人扣除；非獨生子女，經協商後可以均攤。
綜上所述，單位代扣代繳個人所得稅的退稅流程可自行操作，在個稅app軟件先填好自己的個人資料，然後到六項扣除費用裏選擇該扣除的項目，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息、住房租金、贍養老人6方面的費用支出。然後由財務去稅務系統重新計算正常薪資和個稅。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》第二十八條
稅務機關依照法律、行政法規的規定征收稅款，不得違反法律、行政法規的規定開征、停征、多征、少征、提前征收、延緩征收或者攤派稅款。農業稅應納稅額按照法律、行政法規的規定核定。
第二十九條
除稅務機關、稅務人員以及經稅務機關依照法律、行政法規委托的單位和人員外，任何單位和個人不得進行稅款征收活動察配。
第三十條
扣繳義務人依照法律、行政法規的規定履行代扣、代收稅款的義務。對法律、行政法規沒有規定負有代扣、代收空扒稅款義務的單位和個人，稅務機關不得要求其履行代扣、代收稅款義務。扣繳義務人依法履行代扣、代收稅款義務時，納稅人不得拒絕。納稅人拒絕的，扣繳義務人應當及時報告稅務機關處理。稅務機關按照規定付給扣繳義務人代扣、代收手續費。