根據《國務院直轄市關於禁止設站設卡、罰款、收費和亂收費的通知》(國發[1994]41號，即通常所說的“治理公路三亂”)的規定，只有下列情況才能在省政府批準的公路站設卡查車:
第壹，公安交通部門(交警)可以在其設置的公安交通檢查站查車。
二、交通部門可以在其設立的交通檢查站檢查汽車。
三、林業部門在其木材檢查站。
四、畜牧(農業)部門可在其設立的畜牧檢查站(動物檢疫站)查車。
五、為了打擊犯罪，公安部門需要在高速公路上攔截檢查嫌疑車輛時，可以臨時設卡檢查車輛，但任務完成後必須立即撤離。
六、治超辦(壹般由公路部門、交警、交通等單位抽調人員組成，由公路部門牽頭)在設立的檢查站點(治超點)檢查汽車。
車輛不服從檢查站的，按照《警察法》賦予警察的權限處理。
如果是辦理刑事案件的人身檢查，執法依據是:
《公安機關辦理刑事案件程序規定》第壹百九十八條？
為了確定受害者或犯罪嫌疑人的某些特征、傷害或生理狀況，可以對其進行檢查。
犯罪嫌疑人拒絕檢查的，偵查人員認為必要時，可以強制檢查。
車輛檢驗不合格的，可拘留15日，罰款200-2000。規定很明確。
參考資料:
國務院直轄市關於禁止在高速公路上設置站牌、罰款和收費的通知_百度百科