托管費通常按照基金資產凈值的壹定比例提取，每日計算累計，每月月底支付給托管人。這筆費用也是從基金資產中支付，不需要單獨向投資者收取。基金的托管費包含在固定成本中。基金托管費的比例與基金的規模和所在地區有關。通常情況下，基金規模越大，基金托管費費率越低。新興市場國家和地區收取的托管費比例相對較高。國際上托管費的年費率通常為0.2%左右，美國為0.2%，中國大陸、臺灣省和香港為0.25%。
必須指出，基金管理費和托管費是管理人和托管人向基金提供服務而收取的報酬，是管理人和托管人的業務收入。管理費和托管費費率壹般經基金監管部門批準後在基金合同或基金公司章程中約定，不得隨意變更。基金管理人、托管人因不履行或不完全履行義務或基金資產損失而發生的費用，以及因辦理與基金運作無關的事項而發生的費用，不得計入基金管理費和托管費。