根據建設部發布的《城市房地產抵押管理辦法》:“在建工程抵押，是指抵押人依法取得土地使用權連同在建工程投資資產向貸款銀行作為償還貸款擔保的行為。”這部法律雖然是建設部的部門規章，但以條例的形式明確了“在建工程抵押貸款”的法律內涵。此外，各省出臺的相關實施細則也沿用了該條對在建工程抵押的定義，明確貸款的目的是為在建工程的繼續建設取得資金。
因此，從法律合規的角度來看，在建工程抵押貸款的貸款用途應僅限於在建工程。
另壹方面，在建工程抵押貸款合同並未約定“貸款用途僅限於在建工程繼續建設的資金”，並不直接導致借款合同無效。
根據《合同法》第五十二條規定了合同無效的法定情形。第五條規定:“(五)違反法律、行政法規強制性規定的。”該合同無效。以《城市房地產抵押管理辦法》為基礎，是建設部發布的部門規章。至今沒有法律、行政法規明確規定在建項目的貸款用途只能用於在建項目。因此，金融機構與借款人簽訂的借款合同約定了其他借款用途，以在建工程作為抵押物的借款合同有效。
同時，《物權法》第壹百八十條規定:“債務人或者第三人有權處分的下列財產可以抵押: (五)建築物、船舶和在建的航空器；..... "根據該條規定，第三人可以提供在建工程作為抵押物為債務人提供擔保，此時就出現了債務人的貸款未用於在建工程建設的情況。《物權法》於2007年頒布實施，效力等級高於建設部部門規章。據此可以看出，貸款用途不影響在建工程抵押貸款合同的效力。