1.法律效力不同:打印出來的電子印章沒有法律效力，只是壹個圖像或復印件，不能用於正式的法律文件或合同。而蓋章則是在文件上加蓋實體印章，具有法律效力，受法律保護。
2.字體和外觀不同:雖然國家對公章的字體有標準要求，如宋體或仿宋體，但電子印章打印出來的字體和外觀與真印章是不壹樣的。蓋章可以保證字體、圖案、細節與實物印章壹致。
3.顏色和質地不同:從電腦上看到的公章印泥顏色通常是暗紅色，有不規則的色斑或小黑點，這是由於實體印章蓋章時墨水不均勻、紙張不光滑等因素造成的。電子印章的印刷顏色更加均勻，沒有真實的印章紋理和顏色變化。
4.封口角度不同:雖然人們都想正確封口，但由於人工操作，物理封口總會有壹些偏差。因為電子印章是由電腦制作的，通常會非常準確地覆蓋文件，缺乏手工蓋章的自然偏差。
5.地點選擇不同:真正的印章壹般是蓋在公司名稱上，以示其合法性和正規性。電子印章的印制位置比較隨意，不壹定符合真印章的使用習慣。