1，定義不同:法律部門是壹個國家現有的全部法律規範按照不同法律部門的分類組合而形成的系統有機關系的統壹整體；司法機關是行使司法權的國家機關，是國家機構的基本組成部分，是依法設立的行使國家有關職權的司法組織。
2.主要職責不同:法律部門側重於法律本身的靜態體系構成，更重要的是動態的法律運行機制；《司法機關憲法》規定，“人民法院、人民檢察院和公安機關辦理刑事案件，應當分工負責，互相配合，互相制約，以保證法律準確有效地實施。
3.構成要素不同:法律體系(或法律部門)包括立法體系、執法體系、司法體系、守法體系、法律監督體系等。在中國，司法機關是人民法院和人民檢察院。另外，公安機關可以認為是司法機關的壹部分，但行使行政職能時不屬於司法機關。
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