首先，根據《勞動法》的規定，員工享有帶薪年休假的權利，即在年休假期間，公司應當正常支付員工工資。因此，如果員工的休假屬於帶薪年休假，公司不得扣除其工資。
其次，員工請病假，根據《勞動合同法》的規定，員工因病或非因工負傷需要暫停工作的，公司應當在規定的醫療期內支付病假工資或者疾病救濟費。因此，病假期間，公司不得隨意克扣員工工資。
但如果員工請事假，且公司規章制度明確規定事假期間工資不按壹定比例發放或扣除，且該條款不違反法律法規規定，那麽公司可以按照規章制度執行。但需要註意的是，公司在克扣員工工資時應遵循公平合理的原則，不得損害員工的合法權益。
另外，公司克扣員工工資也要符合勞動合同。勞動合同中明確約定休假期間工資支付標準或扣除方式的，公司按照勞動合同執行。
總而言之:
公司請假扣工資是否合法，要看請假的類型、公司的規章制度和勞動合同。帶薪年假和病假期間，公司不得扣除員工工資；事假期間，公司可以按照規章制度執行，但必須遵循公平合理的原則；同時，公司的行為也應符合勞動合同的規定。
法律依據:
中華人民共和國勞動法
第50條規定:
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。
中華人民共和國勞動合同法
第30條規定:
用人單位應當嚴格執行勞動定額標準，不得強迫或者變相強迫勞動者加班。用人單位安排加班的，應當按照國家有關規定向勞動者支付加班工資。