(壹)獨立董事的獨立性不強
由於我國獨立董事由董事會提名，股東大會選舉產生，控股股東可以利用自己的股權優勢操縱獨立董事的選拔，選擇自己熟悉的人加入董事會。因此，獨立董事的獨立性難以保證，成為人肉董事是必然的。另外，我國的獨立董事大多是經濟管理方面的專家學者。這些人雖然在經濟、財務方面有很高的理論水平，但他們不像董事、經理等企業家那樣熟悉和高度敏感公司運營中的實際情況。所以，期望它對公司的經營決策有太大的幫助是不現實的。
(二)獨立董事組織不完善
獨立董事的作用需要在其組織結構中得到改善，特別是董事會下屬的審計委員會、提名委員會和薪酬委員會。在英國的上市公司中，這三個機構都是董事會的強制性機構，全部或大部分由獨立董事組成，是獨立董事發揮作用的基本條件。在中國，這些機構在董事會中並不是強制性的，是否設立由公司決定。沒有這些配套機構的保障，獨立董事很難發揮作用。此外，我國立法中獨立董事的最低人數為三人，這在上市公司董事會中太少。數量優勢的缺乏也是獨立董事難以發揮作用的原因之壹。
(三)獨立董事的實際地位低下
獨立董事雖然也是董事，但與公司的控股股東和普通董事、經理相比，還是外人，所以在身份上被排除在外。此外，對獨立董事行使權利的法律保障不夠。在實踐中，獨立董事行使權利經常受到阻礙，因此獨立董事行使權利的積極性在很長壹段時間內都不會很高。
(四)獨立董事的激勵機制和保護機制不完善。
證監會的指導意見中對獨立董事的激勵機制和保護機制只有壹些原則性的規定，獨立董事都是壹些有本職工作的人兼職，難以激發獨立董事的積極性。同時，隨著股東派生訴訟等制度的完善，獨立董事被起訴的可能性大大提高，這也讓越來越多的人對當獨立董事感到擔憂。