第四十條使用含有毒有害物質的漁藥、餌料、飼料和添加劑，向養殖水體投放生產、生活垃圾，或者不合理處理被汙染或者含有病原體的水體、死亡的養殖生物的，責令改正，情節嚴重的，可以處三萬元以下罰款。
第四十壹條銷售的水產苗種、親本不符合國家標準、行業標準或者地方標準，或者未經批準從境外引進水生生物物種，進口的苗種、親本不在指定場所孵化或者未經批準倒賣的，沒收非法引進的水產物種、苗種、親本和違法所得，可以並處3萬元以下罰款。
第四十二條違反捕撈作業規範，在漁業水域傾倒、遺棄副漁獲物和漁具的，給予警告。情節嚴重的，可以處500元以上5000元以下罰款。
大中型海洋漁船未按規定填寫捕撈日誌或使用位置監控裝置的，責令改正。
第四十三條使用炸魚、毒魚、電魚等方法破壞漁業資源，使用小於規定的最小網目尺寸的網具，或者捕撈幼魚超過規定比例的，沒收漁獲物和違法所得，並處五萬元以下罰款；情節嚴重的，沒收漁具，吊銷捕撈許可證；情節特別嚴重的，可以沒收漁船；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第四十四條因水工建築、航道疏浚、勘探、爆破、錨地建設、排汙、傾倒廢棄物等造成漁業資源損害的。，並造成損失的，肇事者應當承擔民事責任。
第四十五條本條例規定的行政處罰，由縣級以上人民政府漁業行政主管部門或者其所屬的漁政監督管理機構決定。
任何單位和個人不得阻撓漁政執法人員依法進行檢查。拒絕、阻礙漁業行政執法人員依法執行職務的，依照國家有關法律、行政法規追究法律責任。
第四十六條漁業行政主管部門及其所屬漁政監督管理機構及其工作人員有下列行為之壹的，按照國家有關規定給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任:
(壹)不按照規定發放許可證和分配捕撈限額的；
(二)未按規定出具養殖證的；
(三)未按規定公布種子質量檢驗和捕撈限額分配結果的；
(四)從事漁業生產經營活動；
(五)養殖水域受到嚴重汙染時，未采取措施，造成嚴重後果的；
(六)其他玩忽職守、不履行法定義務、濫用職權的。
漁業行政主管部門及其所屬的漁政監督管理機構及其工作人員在行使職權時侵犯《中華人民共和國國家賠償法》規定的公民人身權、財產權的，應當依照賠償法的規定予以賠償。