之所以經常出現這種情況，是因為被特許人在簽訂特許經營合同時並沒有自己的企業，往往是以自己自然人的名義與特許人簽訂特許經營合同，簽訂特許經營合同後再開辦新的企業。特許經營合同中約定的業務由新的企業開展。這會造成實際簽訂特許經營合同的被特許人無法使用特許人的經營資源，而實際從事特許經營業務的當事人並沒有從特許人處獲得合法的經營資源。壹旦發生特許經營合同糾紛，合同雙方特別是特許人很難依據特許經營合同維護自己的合法利益。
2.？合同條款引起的風險
根據《商業特許經營管理條例》第十三條規定，特許人與被特許人應當首次訂立商業特許經營合同，商業特許經營合同的期限不得少於3年。除非特許人同意，否則不能違反此條款。如果私了協議不滿3年沒有合同的書面約定，可能會產生糾紛。
此外，約定合同期滿後，特許經營者有優先續約權。但如果特許人在合同到期三年後找到了新的更合適的加盟商，雙方也可能會產生糾紛。
3.？對合同文本的不壹致解釋
當特許人和被特許人之間發生糾紛，對格式文本的解釋不壹致時，雙方都會做出有利於自己的解釋，當合同雙方對條款的理解不壹致時，可以從對雙方公平的角度尋求平衡點進行解釋。
在特許經營活動中，加盟商以壹對多的方式招商，往往提供統壹的格式文本，而且由於加盟商眾多，壹個加盟商的合同出現問題，會立即引起連鎖反應，其他加盟商也會提出異議，影響生產的經營秩序。所以，如果事先針對不同的加盟商約定有針對性的合同，這種連鎖反應是可以避免的。
4.？合同生效日
合同的生效日期應在簽署時確定。
在簽訂特許經營合同時，特許人往往會設計這樣的條款:“本合同在乙方支付全部特許經營費和保證金後生效”。表面上看，這壹條款對特許人有利，但仔細推敲卻並非如此。這樣的協議對特許人非常不利。特許人和被特許人簽訂特許經營合同後，壹般都有為被特許人選址、裝修、培訓甚至供貨的義務。試想，如果特許人履行了上述義務，而被特許人(被特許人)不支付特許經營費，特許人將無法依據特許經營合同維護自己的權利，因為合同尚未生效。