司法審計請求權可以通過三種方式處理:
1.設立類似民事訴訟中督促程序的申請司法審核令程序。股東在申請書中陳述司法審計的理由，法院審查後向公司發出審計令。公司在異議期內未提出異議的，審核令生效。如果公司在異議期內提出異議，審計裁定程序將終止，股東可以再次提起司法審計訴訟。壹些司法人士還建議設立申請調查令的程序。公司在異議期內未提出異議的，調查令生效，股東可以查閱公司的會計賬簿。申請調查令的程序是股東自己查賬冊和憑證。至於上面提到的不足，不如進壹步設計申請司法審計令的程序。
2、以裁定書的形式，裁定對被告公司壹定時期內的財務會計賬簿和財務會計憑證進行審計，並由法院委托會計師事務所具體執行；
3.決定對被告在壹定時期內的會計憑證和會計賬簿進行審計。判決生效後，股東與公司未就如何履行判決達成壹致意見的，原告可向法院申請執行，法院將委托審計機構進行審計。
司法審計的啟動條件主要如下:
1，公司、企業、單位等會計事項存在違法犯罪行為時；
2.有充分理由和證據證明對方涉嫌犯罪並處於訴訟階段的；
3.在中介機構中選定壹家審計機構後，可以進行委托審計，當事人願意預付審計費用，所以這是專屬審計，是案件需要的審查。其主要目的是通過審查發現、證明和懲罰犯罪，從而準確、公正地確認當事人的權利、義務和法律責任。
綜上所述，當已經處於訴訟階段時，當事人可以向司法人員出示並出示充分的理由和相關證明，申請進入司法審計。司法審計是針對經濟案件中使用的專門技術，會指定專門的審計機構對案件證據和相關人員進行專業的判斷和分析，從而保證當事人的合法權益。
法律依據:
《中華人民共和國民事訴訟法》第100條
因壹方當事人的行為或者其他原因，可能導致判決難以執行或者對壹方當事人造成其他損害的，人民法院可以根據對方當事人的申請，裁定財產保全、責令其作出某些行為或者禁止其作出某些行為；當事人不申請的，人民法院在必要時也可以裁定采取保全措施。人民法院采取保全措施時，可以責令申請人提供擔保。申請人不能提供擔保的，裁定駁回申請。人民法院受理申請後，情況緊急的，必須在四十八小時內作出裁定；被責令采取保護措施的，應當立即執行。