1，土地侵權糾紛和土地權屬糾紛產生的原因不同。
前者是在土地權屬已經確定的情況下，因土地權利受到侵害而引發的糾紛；後者是土地權屬不清引發的糾紛。侵權糾紛包括:
(1)侵犯土地所有權。超過批準的征地金額占用農民土地的，構成侵犯集體土地所有權；
(2)侵犯土地使用權。如在他人土地上搭建違章建築，行政機關非法處置農民承包的集體土地；
(3)侵犯其他權利。違反油氣保護條件和《電力設施保護條例》，在油氣電力設施保護區內種植危害設施安全的植物，構成侵犯他項權利。
侵犯國有土地所有權、未利用的空地和荒地，不作為侵權處理。因為沒有特定的利益主體行使救濟權，國家可以用公權來處理，即可以直接用行政手段而不是民事手段來解決糾紛。
2.土地侵權糾紛和權屬糾紛有不同的解決方式。
壹是當事人可以采取行政調解解決侵權糾紛，也可以直接向人民法院提起民事訴訟；
二是侵權糾紛不受行政處理後30日的訴訟時效限制；
第三，在侵權糾紛中，被侵權人不服行政調解的，應當為被告提起民事訴訟。
3.結果不壹樣。
土地所有權糾紛作為確定土地所有權的結果處理；土地侵權行為適用民法中的壹般侵權行為規定，侵權人應當承擔返還土地、拆除違法建設的建築物或者其他設施等侵權責任。侵權人除承擔民事責任外，還應當依法承擔其他行政或者刑事責任的，適用有關法律、法規的規定。
(三)權屬糾紛和侵權糾紛的處理。
權屬糾紛與侵權糾紛並存是指在同壹土地上因同壹事實而提請處理的糾紛。壹方認為是權屬糾紛，另壹方認為是侵權糾紛。實踐中，這種現象比較普遍。雖然現有的法律法規對此沒有直接處理，但根據權利救濟以權利的存在為前提的法理，如果請求人主張的權利受到質疑，必須先確定權利的存在。在土地糾紛的情況下，這需要首先確認權利。土地權利糾紛不同於壹般的民事權利糾紛，土地確權應首先通過行政程序處理，而侵權糾紛可由當事人選擇行政程序或司法程序處理。實踐中可能會出現這樣的情況:請求確認的壹方向行政機關提出申請，請求解決侵權糾紛的壹方向人民法院提起訴訟。在這種情況下，只有先確定土地的權屬，才能解決土地侵權糾紛。