按照國家管理體制，鎮衛生院接受鎮政府和縣(市)衛生局的雙重管理。衛生系統，首先縱向接受上級醫療機構的業務管理，其次橫向接受同級政府機構的行政管理。這種管理體制延續了很多年，並且隨著國家治理體系和治理能力改革的深入，正在向更加科學高效的方向發展。
鄉鎮衛生院是以縣或鄉為單位建立的衛生管理和醫療預防的綜合性機構。其主要職能是:
1.鄉鎮衛生院主要提供公共衛生服務，提供預防、保健、基本醫療等綜合服務。
2、加強農村疾病防治，做好傳染病、地方病和流行病等農村突發公共衛生事件的防控報告，重點控制嚴重危害農民健康的傳染病、地方病、職業病和寄生蟲病。
3、認真實施兒童計劃免疫。積極開展慢性非傳染性疾病的防治工作。
4、做好農村婦幼保健工作，提高住院分娩率，改善兒童營養狀況。
5、積極做好新型農村合作醫療、計劃生育技術指導、康復等工作。
6、開展愛國衛生運動，普及防病保健知識，引導群眾改善居住、飲食、飲水和環境衛生條件，引導和幫助農民建立良好的衛生習慣。
衛生院的上級部門是衛生廳。不同級別的醫院有不同的上級科室。最基層的醫院是鄉鎮衛生院，上級部門是縣衛生局、縣人民醫院、中醫院、婦幼保健院。縣疾控中心雖然與縣衛生局是壹個級別，但歸其管理。屬於市衛生局直接領導，是其上級。市級醫院歸市衛生局管轄，上級是省衛生廳，省級醫院是省直屬。它的上級是衛生部，還有直屬醫院。
法律依據
醫療機構管理條例實施細則
第三條醫療機構的類型:
(壹)綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫醫院、專科醫院、康復醫院；
(2)婦幼保健院和婦幼保健計劃生育服務中心；
(三)社區衛生服務中心和社區衛生服務站；
(4)中心醫院、鄉(鎮)醫院和街道醫院；
(5)療養院；
(六)綜合門診部、專科門診部、中醫門診部、中西醫結合門診部、民族醫藥門診部；
(七)診所、中醫診所、民族醫診所、衛生所、醫務室、保健中心、衛生站；
(8)村衛生室(所)；
(九)急救中心和急救站；
(10)臨床檢驗中心；
(十壹)專科疾病防治醫院、專科疾病防治所、專科疾病防治站；
(十二)療養院和護理站；
(十三)醫學實驗室、病理診斷中心、醫學影像診斷中心、血液透析中心、臨終關懷中心；
(十四)其他醫療機構。
第七條衛生計生行政部門依法獨立行使監督管理職權，不受任何單位和個人的幹涉。