1.辦公室
制定本局和本系統的年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，起草、審核相關文件和報告，負責本單位政務督查工作；負責會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息和外事工作；負責稅務宣傳；負責組織稅收科研、學術交流和科技成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；制定辦公室規章制度；指導辦公自動化；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助局領導綜合協調相關工作。
2.政策和法規科
進行稅收政策調查研究，並跟蹤反饋執行情況；負責稅收規範性文件的會簽和涉稅文件的歸檔；承擔稅收法規的清理、認定和匯編工作；承辦重大稅務案件的審理，開展稅務稽查案件的審查工作；負責稅收執法責任制和稅收執法檢查；辦理稅務行政處罰聽證、稅務行政復議、訴訟、賠償等涉稅法律事務；負責行政許可和行政審批的綜合管理；負責法制普及、宣傳和教育。
3.流轉稅管理組
負責增值稅、消費稅、車輛購置稅和營業稅的征收管理和稅收征管業務；貫徹執行流轉稅法律法規，並監督檢查執行情況；負責制定本地區流轉稅征收管理的具體實施辦法；管理增值稅專用發票；負責增值稅防偽稅控的推廣和管理；負責增值稅、消費稅、車輛購置稅、營業稅等稅種的日常稽核檢查。負責進出口稅收政策和管理措施的實施、日常監督檢查；負責出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣應用；配合有關部門組織出口貨物退(免)稅檢查；負責出口貨物退稅計劃的分配和執行。
4.所得稅管理科
負責儲蓄存款利息所得的企業所得稅和個人所得稅的征收管理，並實施稅收征管業務；負責制定本地區所得稅征收管理的具體辦法；負責組織企業所得稅的日常檢查；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理；負責所得稅政策的管理和監督、檢查、考核執行情況及日常管理。負責稅收協定執行、反避稅、非居民稅收管理、信息交換、國際稅收征管合作等國際稅收事項管理；負責涉外企業稅收政策管理並監督檢查執行情況和日常管理。
5.收藏管理科
組織實施綜合稅收征管法律、法規和規章，研究制定綜合稅收征管制度和辦法；指導稅務登記、稅收征管質量評估、納稅申報和稅收信息管理；負責指導、規範和優化納稅服務；負責稅源管理相關工作的指導、監督和考核；負責普通發票管理；指導個體工商戶和集貿市場的稅收征管工作；負責組織除增值稅防偽稅控以外的征管軟件和稅控工具的推廣應用；負責稅務代理工作的監督、管理和指導。
6.規劃統計組
負責組織收入工作的指導和協調；負責稅收計劃管理；負責稅務會計和統計信息數據的收集和整理；組織檢查稅款的征收和退還；負責稅源數據的調查和計算，稅收分析和預測；負責重點稅源的監控和管理；負責稅務憑證的管理。
7.財務管理科
負責本系統和本級機關的經費和財務工作；負責本系統基建、設備和資產的管理；組織內部審計、離任審計和政府采購。
8.人事教育組
研究和實施人事管理制度；負責組織、編制、任免、調配、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督檢查；負責本系統的思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓管理。
離退休幹部管理辦公室。負責離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
9.監督辦公室
負責監督檢查各級國稅機關及其工作人員在本系統貫徹執行黨和國家的路線方針政策及有關法律、法規和政策的情況；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和整改工作；負責管理本級幹部舉報來信來訪、違法違紀案件和系統內重大案件。
政府黨委辦公室。負責局機關和直屬事業單位黨務、紀檢、工會、* *共青團、婦聯工作；負責局機關的思想政治工作和黨群工作。1.運城市國家稅務局稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅務檢查工作；負責檢查和處理年度計劃中確定的重點行業和稅收違法行為；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務舉報案件的受理、移送和查處；審核下級稅務檢查；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查。
運城市國稅局稽查局為非職能局，有正式建制。內設5個機構，分別是:綜合選案科、稽查壹科、稽查二科、案件審理科、案件執行科，均為正股級。
2 .運城市國家稅務局直屬稅務分局
負責所轄住戶的稅收征收、稅源管理和納稅服務。具體負責稅務登記與認定、申報方式核查、納稅申報受理與審核、稅款征收、催繳、處理逾期申報與繳納、計劃會計統計、發票稅票管理、戶籍管理、稅源調查、稅源監控、重點稅源管理、數據采集與分析、納稅評估、壹般違章處理、納稅宣傳、納稅輔導、納稅調研、納稅服務等工作。
運城市國家稅務局直屬稅務分局是壹個非職能局，有正式的建制。內設5個機構，分別是:綜合部、計劃征收部(通稱為納稅服務部)、綜合業務部、稅源管理壹部、稅源管理二部，均為股級。1.運城市國家稅務局經濟技術開發區稅務分局
運城市國家稅務局經濟技術開發區稅務分局是壹個非全職能局，為副處級建制。內設6個機構，分別是:綜合部、計劃征收部(通稱為納稅服務部)、綜合業務部、稅源管理壹部、稅源管理二部、稅源管理三部，均為子部門。
2 .運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局
運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局與絳縣國家稅務局合並。縣(市、區)國家稅務局職責。
3 .運城市國家稅務局風陵渡經濟技術開發區稅務分局
運城市國家稅務局、風陵渡經濟技術開發區稅務分局、芮城縣國家稅務局合並。運城市國稅局下設信息中心、機關服務中心、票證中心三個機構，均為正科級。
1.信息中心
組織信息系統建設；實施信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡和稅務信息的綜合數據庫；負責稅務數據的質量評估、分析和利用；參與組織應用軟件開發和稅控儀器的推廣、應用及技術培訓；負責計算機設備的維修、維護和調配管理。
2.代理服務中心
制定機關後勤服務和行政事務的規章制度和管理辦法，並組織實施；負責局機關後勤服務的組織和管理；負責局機關的綜合管理工作；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責該局房地產管理、安全保衛、醫療保健等工作。
3.票務中心
負責完稅憑證(票)、普通發票及其他相關票證的印制、發放和保管管理。運城市國家稅務局按行政區劃設置13縣(市、區)國家稅務局。
1.絳縣國家稅務局與運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局合並，壹套工作人員，兩塊牌子，為副處級全職能局。其行政機構、直屬機構、派出機構、事業單位及其職責見運城市國家稅務局華新經濟技術開發區稅務分局。
2.芮城國家稅務局和運城市國家稅務局風陵渡經濟技術開發區稅務分局合並，壹套人馬，兩塊牌子，是副處級全功能局。行政機構、直屬機構、派出機構、事業單位及其職責見運城市國家稅務局風陵渡經濟技術開發區稅務分局。
3.其余11縣(市、區)國稅局均為全功能局，有正式部門。即:運城市鹽湖區國家稅務局、永濟市國家稅務局、河津市國家稅務局、臨猗縣國家稅務局、新絳縣國家稅務局、稷山縣國家稅務局、聞喜縣國家稅務局、夏縣國家稅務局、平陸縣國家稅務局、萬榮縣國家稅務局、垣曲縣國家稅務局。