很簡單，因為聯邦憲法對此有明確規定，賦予國會宣戰和撥款建軍的權力，但賦予總統指揮軍隊的權力；之所以復雜，是因為美國人有權持槍，有權建立民兵組織。除了聯邦軍隊，各州和普通民眾也可以擁有自己的武裝力量。獨立戰爭初期，華盛頓指揮的大陸軍是由殖民地的民兵組成的。雖然後來的法律將各州的民兵納入聯邦體系，成立了具有陸軍和空軍預備役性質的國民警衛隊，但在和平時期，各州州長仍保留國民警衛隊的指揮權。至於荷槍實彈的民間武裝，只要不違反聯邦和地方法律，在自己的“地盤”開槍射擊，沒人管。
美國《聯邦憲法》第二章第二節規定，總統是美國海軍和陸軍總司令，第壹章第八節規定，宣戰和撥款建立和維持陸海軍的權力屬於國會，從而為美國武裝力量置於文官領導之下奠定了法律基礎。
現在聯邦軍隊有七個部分。有兩支人數不多的特種武裝，隸屬於商務部下屬的國家海洋與大氣管理局和衛生與公眾服務部下屬的公共衛生服務局。還有海岸警衛隊，平時歸國土安全部管轄，戰時可根據總統命令或國會立法置於海軍部領導之下。剩下的是四支最重要的軍隊，即陸軍、海軍、空軍和海軍陸戰隊，分別由國防部下屬的陸軍部、海軍部和空軍管理。
在第二次世界大戰前的大部分時間裏，永久性的軍事文職管理部門是陸軍部和海軍部，它們的部長都是總統內閣成員。二戰結束後不久，陸軍部被分為陸軍部和空軍部，與海軍部壹起劃歸國家軍事組織NME。只有NME的首腦是內閣成員，海軍部不再是內閣級別的部門。到1949，NME更名為國防部。
國防部通常被稱為“五角大樓”，因為它的總部位於華盛頓西南弗吉尼亞州阿靈頓縣著名的五角形建築內。迄今為止，五角大樓是世界上最大的辦公樓，有23000人在五角大樓工作，建築面積60萬平方米。而且，它的設計非常合理。據國防部網站介紹，雖然樓內走廊總長度接近30公裏，但在其中任意兩點之間行走不會超過7分鐘。
1958和1986年，國民議會兩次改組國防部。陸軍部、海軍部和空軍部從軍事指揮鏈中分離出來，基本職責變成負責各自作戰部隊的組織、訓練、裝備和保障。現在美國武裝部隊的指揮序列如下:
總統，整個武裝部隊的總司令。國防部長和國家安全委員會提出的建議，國防部長提出的實施方案，最終由總統決定並批準實施。
國防部長就基本國防政策向總統提出建議，總統決定的軍事行動通過國防部長發布。
國家安全委員會由總統、副總統、國務卿和國防部長組成。它是國家安全最重要的決策機構。它就重大國家安全問題提出意見，由總統做出最終決定。其他人參加了國家安全委員會的會議，其中參謀長聯席會議主席是其軍事顧問，中央情報局局長提供情報信息。國家安全委員會還將邀請財政部長、美國駐聯合國代表、總統國家安全事務助理、總統經濟政策助理和白宮辦公廳主任出席會議。如果與所討論的問題有關，司法部長和國家禁毒辦公室主任也將應邀出席國家安全委員會的會議。
參謀長聯席會議主席是總統、國防部長和國家安全委員會最重要的軍事顧問，在各軍兵種參謀長的協助下工作。
陸軍、海軍、空軍和海軍陸戰隊參謀長。他們是參謀長聯席會議主席的助理，不承擔軍事指揮責任。
目前，統壹作戰司令部由6個戰區司令部和3個特種作戰、戰略和運輸司令部組成，酌情執行國防部部長發布的總統作戰命令。
聯合作戰司令部如果軍事行動是由包括美國在內的兩個或兩個以上國家的軍隊聯合進行的，將成立聯合作戰司令部來完成具體的作戰任務。
聯合作戰司令部和聯合作戰司令部是具體實施軍事行動的指揮機關。
作為憲法原則，美國的武裝力量屬於國家，不幹預國家的政治問題。雖然政治中立在極少數情況下越界了，但那是因為總統的命令。