目前，我國非政府組織法律制度還存在三個問題:(1)法律制度不夠完善。就我國非政府組織的管理而言，雖然國家制定了全面的法律規範，但缺乏綱領性的基本法，導致政府管理非營利組織過程中存在援引法律依據的困境。此外，與非政府組織管理相關的法律法規銜接程度低，各種法律依據不配套。這些法律缺陷削弱了政府對非政府組織各種行為的監管，許多非政府組織在缺乏有效監管的情況下行為不端，最終導致社會功能缺失。(2)法律法規過於原則，不具有可操作性。比如，沒有具體的操作規範來指導非政府組織的政治參與行為，沒有具體的操作規範來協調黨、非政府組織和政府之間的關系。(3)立法層次不高。管理民間組織的國家法律法規主要依據國務院頒布的《社會團體登記管理條例》、《民辦非企業單位登記管理暫行條例》、《基金會管理條例》以及各地自行制定的地方性法規、規章和規範性文件。顯然，這些立法層級是有限的，低立法層級將直接影響非政府組織發揮其社會功能的權威性。總之，由於我國非政府組織法律制度不完善、原則性強、立法層次低等因素，我國非政府組織的社會功能受到了很大的制約。
2管理體制的制約
目前在中國，“政府管理非政府組織的首要目標是限制其發展，規避可能的政治風險，手段是通過雙重審批限制準入。”[7]控制民間組織當然是必要的，但雙重管理體制畢竟是計劃經濟下全能政治的產物。改革開放後，我國市場經濟得到培育和發展，市場和社會的空間逐步打開，政府不再是全能政府。顯然，目前我國傳統的雙重管理體制已經與時代脫節，極大地制約了我國非政府組織社會功能的有效發揮。比如，民間組織的註冊實際上存在雙重門檻，從而造就了大量的“非法”民間組織；再如，我國三部民間組織管理條例對登記管理機關和業務主管單位的監督管理職責劃分存在過於原則、重疊、模糊的特點。這些特點容易導致職責不分的情況，職責不分的結果會導致政府和社會的割裂，從而削弱非政府組織的獨立性。[8](P254)總之，高門檻限制了我國非政府組織的數量，不區分政府與社會，獨立性差，難以體現我國非政府組織的主體地位。這樣壹來，我國非政府組織的社會功能將不可避免地受到嚴重的負面影響。
3組織自身建設和能力困境
組織的自身建設和能力是非政府組織有效發揮社會功能的內在條件和主要基礎。然而，目前我國非政府組織的自身建設和能力建設仍存在諸多瓶頸和困境:壹是缺乏獨立性。目前我國的非政府組織實際上是主管單位的下屬機構，導致非政府組織過於依賴政府，官方色彩濃厚，獨立性不足；其次，發展資金不足。由於我國福利資金短缺，很難發放給沒有真正納入政府福利體系的非政府組織。此外，體制外非政府組織的發展主要依靠自籌資金(主要通過外援)、少量社會捐贈和壹定的服務收費。由於缺乏公益傳統，政府鼓勵個人和企業捐贈的措施有限，民間捐贈的數量很少；第三，人力資源短缺。目前，我國非政府組織由於缺乏資金，無法為人才提供良好的經濟條件，因此無法吸引高素質人才；最後，目前我國非政府組織的內部治理實際上缺乏相應的制度規範，普遍存在治理不善的問題。總之，目前我國的非政府組織，無論是人們的觀念，還是非政府組織的數量和規模，更重要的是其整體能力和作用，都跟不上社會經濟發展的需要，極大地制約了我國非政府組織社會功能的有效發揮。
4文化價值觀的制約因素
文化價值觀是影響非政府組織社會功能的深層次因素。目前，我國不同主體對非政府組織的職能仍有許多限制性觀念，具體表現為:(1)黨和政府對非政府組織仍持有壹定的控制觀念。改革開放後，雖然黨和政府開始意識到非政府組織對政府職能轉變的重要性，強調非政府組織的橋梁和紐帶作用，但全能國家的路徑依賴往往使政府官員將非政府組織視為對社會政治秩序的潛在威脅和對政府權威的挑戰，從而未能充分信任它們。現實中，壹些非政府組織經常接受國外的資金，這些國外的資金可能會附加壹些條件，引起政府的重視，從而為嚴格控制非政府組織提供依據。(2)公眾對NGO仍持懷疑態度。“對於官辦性質較強的第三部門組織，中國公眾往往將其視為第二政府；對於弱勢的基層組織，公眾往往對其能力持懷疑態度，從而忽視其存在或堅持對其進行謹慎的評價。此外，在這個中心化明顯的社會，公眾無法真正了解第三部門的存在和發展會對他們的生活產生什麽影響。”[9]由於公眾對非政府組織的能力和發展持懷疑態度，這使得非政府組織在我國缺乏公眾的支持和參與，其社會功能受到負面影響。(3)中國非政府組織持有依賴政府的觀念。如前所述，雙重管理體制使得NGO不得不依賴政府，其獨立性肯定會受到嚴重影響。