從事動物飼養經營、動物產品生產經營以及與動物、動物產品檢疫相關活動的單位和個人，必須遵守本辦法。第四條各級人民政府畜牧獸醫行政管理部門主管本行政區域內的動物檢疫工作。
各級人民政府的動物防疫監督機構負責本行政區域內的動物、動物產品檢疫工作。第五條國家對動物檢疫實行報檢制度。
動物、動物產品出售或者調出產地前，貨主必須事先向當地動物防疫監督機構申請報檢。第六條動物防疫監督機構應當配備動物檢疫員，實施動物檢疫。
動物防疫監督機構根據工作需要，可以聘請鄉鎮畜牧獸醫站和其他有條件的單位的專業獸醫作為動物防疫監督機構派出的動物檢疫員，代表動物防疫監督機構在規定的範圍內執行檢疫任務。
動物檢疫員必須按照國家標準、行業標準、檢疫規程和本辦法的規定對動物、動物產品進行檢疫，並對檢疫結果負責。第七條動物檢疫員應當按照國家標準、農業部頒布的檢疫標準、檢疫對象以及本辦法的有關規定實施動物檢疫。
對檢疫合格的動物、動物產品出具檢疫證明，加蓋驗訖印章或者加封規定的檢疫標誌。
檢疫不合格的動物、動物產品，包括染疫或者疑似染疫的動物、動物產品，以及死亡或者死因不明的動物、動物產品，必須由貨主按照國家有關規定，在動物防疫監督機構的監督下進行無害化處理；不能無害化處理的，予以銷毀。第八條運載動物、動物產品的車輛、船舶、機艙、飼養用具和裝載用具，必須由貨主或者承運人在裝貨前和卸貨後清洗，並由動物防疫監督機構或者其指定的單位進行消毒。動物和動物產品必須憑車輛消毒證明裝載運輸。清除的墊料、糞便、汙物，由貨主或者承運人在動物防疫監督機構的監督下進行無害化處理。第九條檢疫證明和消毒證明應當按照動物防疫證明的規定和使用規範出具。
動物檢疫證明的有效期最長為七天；賽馬等特殊用途動物，檢疫證明有效期可延長至十五天；動物產品檢疫證書的有效期最長為30天。車輛消毒證明的有效期與當時運輸的動物或者動物產品的檢疫證明的有效期相同。第二章產地檢疫第十條動物、動物產品在出售或者運出產地前，必須經動物檢疫員檢疫。第十壹條貨主應當按照下列時間提前向動物防疫監督機構申請報檢:
動物產品和供屠宰或育肥的動物提前三天；種用、乳用或服務用動物提前15天；因生產、生活特殊需要出售、運輸、攜帶動物、動物產品的，應當交驗。第十二條動物檢疫按照有關國家和行業標準進行。符合下列條件的，出具動物產地檢疫證明:
(壹)符合健康標準的屠宰育肥用動物、種用動物、乳用動物和服務用動物，因生產生活特殊需要出售、運輸、攜帶的動物，必須來自非疫區，在有效期內進行免疫，並經團體和個人臨床健康檢查合格；
(二)豬、牛、羊必須有合格的免疫標記；
(3)不符合衛生標準的種用、乳用、服務用動物，除滿足上述條件外，還必須通過實驗室檢驗。第十三條動物產品經檢疫，符合下列條件或者符合下列規定的，出具動物產品檢疫證明:
(壹)生皮、羊毛、羊絨等產品在產地無規定疫情的，應當按照有關規定進行消毒。炭疽易感動物的生皮、原毛、羊絨等產品炭疽沈澱試驗陰性，或經環氧乙烷消毒；
(二)精液、胚胎和種蛋的供體符合動物健康標準；
(三)骨、角等產品的產地應無疫情，並按有關規定進行消毒。第十四條參加展覽、比賽和表演的動物，裝運前必須向當地動物防疫監督機構申請檢疫。符合本辦法第十二條第壹項要求的，出具檢疫證明。必要時，可進行實驗室檢測。到達展覽、比賽、演出場所後，貨主應當持檢疫證明向當地動物防疫監督機構申報檢驗。第十五條合法捕獲的野生動物的所有者必須向捕獲地動物防疫監督機構申請檢驗，經捕獲地動物防疫監督機構臨床健康檢查和實驗室檢疫合格後，方可出售和運輸。到達接收地後，貨主應當將檢疫證明交由接收地動物防疫監督機構查驗。