1，實現動機不同
棚戶區改造從根本上說是壹項民生工程，旨在解決住房條件最困難群眾的住房問題，消除這壹地區的住房安全隱患，完善配套設施，改善居民居住條件。
房屋征收是為了實現特定的公共利益，比如建設公立學校、軍用機場等。棚戶區改造雖然具有公共利益的特征，但只是公共利益的壹種類型，是《征收與補償條例》第八條規定的公共利益情形之壹，但不能涵蓋所有的公共利益類別。
2.不同的處置對象
棚戶區改造針對的是簡易房、危房、舊房，通常是住房。房屋征收時，不受被征收房屋現狀和用途的限制，既可以是危房，也可以是新房。無論是住宅、寫字樓、商鋪、廠房，甚至養殖用房，只要是公眾利益所要求的，都可以納入征收拆遷範圍。
棚戶區改造可以針對國有土地上的房屋和集體土地上的房屋，而《征收與補償條例》只能針對國有土地上的房屋。
3.不同的處理方法
棚改，棚改，手段以改造為主，拆遷為輔。
棚戶區改造方式多樣，有修繕加固、改建(擴建改造)和拆舊建新，不可能拆舊建新。
第二，賠償標準不同
房屋征收補償標準適用《土地管理法》。
第四十七條征收土地的，按照被征收土地的原用途給予補償。
征用耕地的補償費包括土地補償費、安置補助費和地上附著物及青苗補償費。征用耕地的土地補償費為該耕地被征用前三年平均年產值的六至十倍。耕地安置補助費按照需要安置的農業人口數量計算。
需要安置的農業人口數量，按照被征收耕地數量除以征地前各被征收單位平均占用耕地數量計算。每個需要安置的農業人口的安置補助費標準為該耕地被征用前三年平均年產值的四至六倍。但是，每公頃被征收耕地的安置補助費，不得超過被征收前三年平均年產值的十五倍。
征用其他土地的土地補償費和安置補助費的標準，由省、自治區、直轄市參照征用耕地的土地補償費和安置補助費的標準規定。
被征用土地上的附著物和青苗的補償標準由省、自治區、直轄市規定。征用城市郊區的菜地，用地單位應當按照國家有關規定繳納新菜地開發建設基金。
依照本條第二款規定支付土地補償費和安置補助費，仍不能維持需要安置的農民原有生活水平的，經省、自治區、直轄市人民政府批準，可以增加安置補助費。但是，土地補償費和安置補助費的總和不得超過該土地被征用前三年平均年產值的三十倍。
國務院根據社會經濟發展水平，在特殊情況下，可以提高耕地土地補償費和安置補助費的標準。
至於棚改區域，因為屬於國有土地，適用《國有土地上房屋征收與補償條例》的相關規定。
棚戶區的補償依據是《國有土地上房屋征收與補償條例》第十九條的規定。
對被征收房屋價值的補償不得低於房屋征收決定公告之日被征收房屋類似不動產的市場價格。被征收房屋的價值應當由具有相應資質的房地產價格評估機構按照房屋征收評估方法評估確定。
對評估確定的被征收房屋價值有異議的，可以向房地產價格評估機構申請復核評估。對復核結果有異議的，可以向房地產價格評估專家委員會申請鑒定。
房屋征收評估辦法由國務院住房城鄉建設主管部門制定，制定過程中應當向社會公開征求意見。
參考資料:
百度百科-窩棚改造屋
參考資料:
百度百科-房屋征收
參考資料:
百度百科-土地管理法
參考資料:
百度百科-國有土地上房屋征收與補償條例