通榆河及主要供水渠道的水質應當符合國家地表水環境質量三類以上標準。第四條通榆河實行分級保護，分為三個保護區。通榆河及其兩側各壹公裏，主要供水渠道及其兩側各壹公裏為通榆河壹級保護區；通榆河二級保護區位於新沂的偏洪、沿河、鬥龍港、新陽港、黃沙港、射陽河、車魯河、沂南河、樹新河等與通榆河相交的主要河流上遊五公裏，兩岸壹公裏。穿越通榆河的其他河流上遊五公裏、兩岸壹公裏為通榆河三級保護區。第五條省人民政府和沿線縣級以上地方人民政府應當將通榆河水汙染防治納入國民經濟和社會發展規劃，加大產業結構調整力度，推行清潔生產，發展循環經濟，削減水汙染物排放總量，加強汙染防治和監督檢查，改善水環境質量，保障飲用水安全。
省人民政府和沿線縣級以上地方人民政府應當加大投入，在本級財政預算中安排資金，用於通榆河水汙染防治。設立的環境保護基金應當撥出壹定比例用於通榆河水汙染防治。第六條省人民政府應當組織沿線縣級以上地方人民政府建立通榆河水汙染防治的聯動協商機制，研究解決通榆河水汙染防治的重大問題。
通榆河水汙染防治實行地方各級人民政府目標責任制和考核獎懲制度。沿線縣級以上地方人民政府對本行政區域的水環境質量負責。沿線各級人民政府的主要負責人對本行政區域內通榆河水汙染防治的任期責任目標負主要責任，任期目標完成情況作為主要負責人考核評價的重要內容。第七條省環境保護行政主管部門和沿線縣級以上地方人民政府環境保護行政主管部門對本行政區域內通榆河水汙染防治實施統壹監督管理。
沿線縣級以上地方人民政府水利、發展改革、經濟和信息化、財政、交通運輸、衛生、規劃、建設、城市管理、農業、海洋與漁業、國土資源等行政主管部門應當按照各自職責，做好通榆河汙染防治的監督管理工作。第八條省人民政府和沿線縣級以上地方人民政府應當定期向同級人民代表大會或者其常務委員會報告通榆河水汙染防治情況。縣級以上地方人民代表大會常務委員會應當定期對通榆河水汙染防治進行監督檢查。第九條省人民政府、沿線縣級以上地方人民政府和環境保護行政主管部門應當組織開展水汙染防治法律法規和科學防治知識的宣傳教育，增強全社會自覺保護通榆河水環境的自覺性；采取措施保障公民的環境知情權，鼓勵和支持公民和社會組織參與通榆河環境保護。第十條省人民政府、沿線縣級以上地方人民政府和有關行政主管部門對在通榆河水汙染防治工作中做出顯著成績的單位和個人，應當給予表彰和獎勵。第二章監督管理第十壹條省環境保護行政主管部門應當會同省有關水利行政主管部門和沿線有關人民政府編制通榆河水汙染防治規劃，報省人民政府批準。
通榆河沿岸城市生活汙水處理、飲用水水源安全、農業面源汙染防治、船舶汙染防治等專項規劃或者方案，由省住房和城鄉建設、水利、農業、交通等有關行政主管部門會同同級人民政府有關部門和沿線有關人民政府根據通榆河水汙染防治相關規劃制定並實施。第十二條省人民政府有關行政主管部門應當定期對通榆河水汙染防治規劃、通榆河沿岸城市生活汙水處理等專項規劃或者方案的實施情況進行檢查評估，將評估結果向省人民政府報告，並通報沿線縣級以上地方人民政府。第十三條根據通榆河水質保護的需要，省發展改革、經濟和信息化行政主管部門會同省環境保護行政主管部門制定禁止、限制和淘汰的行業和產品目錄，報省人民政府批準後公布實施。第十四條省人民政府應當根據保護通榆河水質、優化產業結構和調整產業布局的需要，適時制定嚴於國家標準的地方水汙染物排放標準，並向社會公布。