縣級以上人民政府交通行政主管部門負責本轄區和授權水域的水上交通安全管理，其海事管理機構具體負責本轄區和授權水域的水上交通安全監督管理。
縣級以上人民政府公安、農牧、水行政、旅遊等部門應當按照各自職責，配合交通行政主管部門做好水上交通安全管理工作。第五條縣級以上人民政府應當加強對本行政區域和省政府授權水域內水上交通安全管理工作的領導，建立健全水上交通安全管理責任制，制定重大水上交通事故應急救援預案，配備應急救援工作所需的通信、導航、救助和打撈設備。
鄉(鎮)人民政府應當建立健全船舶和渡口安全管理責任制，督促船舶所有人、經營人和船員遵守有關水上交通安全的法律、法規和規章。
船舶所有人或者經營人應當按照《中華人民共和國安全生產法》的有關規定，建立健全安全管理制度和應急救援措施。第六條船舶、浮動設施必須符合《條例》規定的條件。異地轉移的船舶和浮動設施，必須符合轉移後的航區等級要求，方可航行或從事相關活動。
從事旅客運輸服務的船舶經營者應當按照國家規定為旅客辦理保險；配備救生員和足夠的救生設備。第七條在通航水域從事客運服務需要增加船舶的，必須經州(市)交通行政主管部門批準。第八條海事管理機構應當按照《中華人民共和國船舶和海上設施檢驗條例》的規定對船舶進行檢驗。
船舶建造或者改建時，船舶所有人或者經營人應當向海事管理機構申請建造檢驗。第九條禁止私自建造或者改裝船舶，禁止使用未經檢驗或者檢驗不合格的船舶。第十條船員在擔任船員職務前，必須經過專業培訓，經海事管理機構考試合格，並取得海事管理機構頒發的適任證書或者其他合格證書。第十壹條船員應當遵守國家有關水上交通安全管理的法律、法規和規章，航行時應當遵守航行規則和下列規定:
(1)禁止酒後駕駛或操作；
(二)運載牛、馬、羊等大型牲畜時，除看管人員外，不得搭載其他乘客；
(三)不得超越批準的航區航行；
(四)不得在航道停留或者從事影響其他船舶航行安全的活動；
(5)不得在大霧、暴雨、大風等不符合適航要求的條件下航行。第十二條船舶和浮動設施在水庫內航行、停泊、作業，應遵守大壩安全管理的有關規定，在大壩安全管理規定的安全距離內，禁止船舶和浮動設施航行、停泊和作業。第十三條船舶必須保證自身安全，應當在依法公布的水域停泊，不得搶占航道、泊位或者碼頭；不得妨礙或者危及其他船舶和浮動設施的航行、作業和停泊安全。第十四條碼頭的規劃和建設應當根據當地交通運輸能力合理設置，庫區碼頭建設不得影響水庫大壩安全。
渡口管理由縣人民政府按照《條例》的有關規定執行。第十五條水利水電工程設施管理部門在實施水力調度運行計劃時，應當事先通知當地交通行政主管部門或者海事管理機構，遇水位驟降或者驟升可能影響航行安全時，當地海事管理機構應當及時發布航行通告。第十六條通航水域禁止載運劇毒化學品和國務院交通行政主管部門規定的其他危險化學品。第十七條船舶、浮動設施遇險時，應當采取有效措施進行自救，並及時向當地海事管理機構報告遇險時間、地點、狀況、原因和救助要求，同時通知船舶、浮動設施的所有人或者經營人。海事管理機構接到報告後，應當及時組織救助，並向當地人民政府報告。接到報告後；遇險地縣級人民政府應當領導和協調救助工作。壹旦發生重大交通事故，應迅速啟動應急救援預案。
遇險現場及附近的船舶和人員必須服從海事管理機構的統壹調度和指揮。