在本省管轄水域以外，造成本省管轄水域汙染的，依照國家有關法律和本條例執行。第三條海洋環境保護應當遵循海河綜合規劃、海陸兼顧、預防為主、防治結合、標本兼治的原則。第四條沿海各級人民政府應當按照依法劃定的生態保護紅線，嚴格保護重點海洋生態功能區、生態環境敏感區和脆弱區。第五條沿海縣級以上人民政府應當建立和完善灣長制度，實現對本地區重要海域的全覆蓋。
各級灣長要組織、協調、監督海洋空間資源管控、汙染綜合防治、生態保護與修復、環境風險防範等工作，提高海洋生態環境質量，維護海洋生態安全。第六條縣級以上沿海生態環境主管部門負責本行政區域內海洋環境的監督管理，發展改革、自然資源、農業農村、交通運輸等部門按照各自職責做好海洋環境保護工作。
海洋行政主管部門(以下簡稱海事部門)負責所轄港區水域內非軍用船舶和港區水域外非漁業、非軍用船舶汙染海洋環境的監督管理，並負責汙染事故的調查處理。第七條生態環境、自然資源、農業農村、交通運輸、海事等部門應當相互配合，密切配合，共同做好海洋環境保護工作。可以對海洋汙染事故或破壞海洋環境的違法行為進行聯合調查和聯合執法。
陸源汙染物對海洋環境造成損害或者船舶汙染事故對漁業造成損害的，生態環境主管部門或者海事部門應當讓農業、農村部門參與調查處理。
前款規定以外的漁業汙染事故調查處理涉及其他監督管理部門的，應當涉及其他監督管理部門。第八條沿海縣級以上人民政府應當將海洋生態建設、海洋環境監測等海洋環境保護所需經費納入同級財政預算，並根據經濟社會發展逐步增加資金投入。
沿海縣級以上人民政府應當加強海洋環境保護法律法規的宣傳教育，鼓勵海洋環境保護科技創新，推行清潔生產，發展循環經濟，促進海洋經濟可持續發展。第九條省生態環境主管部門應當會同有關部門制定全省海洋環境保護規劃和重點海域環境保護專項規劃，並按程序批準後實施。
沿海設區的市、縣(市、區)生態環境主管部門應當會同有關部門，根據上壹級海洋環境保護規劃和重點海域環境保護專項規劃，制定本行政區域的海洋環境保護規劃，並按程序報批。
重點海域名錄由省自然資源主管部門商有關部門擬定，報省人民政府批準公布。第十條沿海設區的市級以上生態環境主管部門應當定期發布海洋環境質量公報或者專題公報。
自然資源、農業農村等部門應當向生態環境主管部門提供編制環境質量公報所必需的海洋環境數據；生態環境主管部門和其他部門應當向自然資源、農業和農村等部門提供與海洋環境有關的信息。第十壹條沿海縣級以上人民政府應當組織有關部門制定並實施赤潮災害防治應急預案，做好防治工作。
縣級以上生態環境主管部門應當加強對赤潮的監測、監視、預警、預報和信息發布；發生赤潮時，應當及時向本級人民政府報告，並逐級上報省級生態環境主管部門。
單位和個人發現赤潮時，應當及時向當地生態環境主管部門報告。第十二條沿海縣級以上人民政府應當組織有關部門和單位制定海洋環境汙染事故應急預案；發生重大海洋環境汙染事故時，有關部門和單位應當按照應急預案采取措施，消除或者減輕汙染危害。
海洋環境汙染事故危及人體健康和海洋生物資源時，縣級以上人民政府應當及時向可能受到汙染損害的單位和公眾通報或者公布有關信息。第十三條具有特殊地理條件、生態系統、生物和非生物資源以及海洋開發利用特殊需要的區域，可以指定為海洋特別保護區。
海洋特別保護區的選擇、建設和管理由省自然資源主管部門根據國家有關規定制定，報省人民政府批準。第十四條開發利用海洋資源應當嚴格遵守生態保護紅線，符合海洋主體功能區規劃、海洋功能區劃、海洋環境保護規劃、重點海域環境保護專項規劃和相關環境保護標準，不得對海洋生態環境造成破壞。
任何單位和個人不得在半封閉海灣、河口建設影響潮汐通道、行洪安全、降低水體交換能力、增加航道淤積速度的工程建設項目。
采挖海砂礫石或者開發海島及其周邊海域資源時，應當采取嚴格的生態保護措施，不得擅自改變海島地形、灘塗及其周邊海域的生態環境。