就制度而言，司法獨立要求:(1)司法權由司法機關(法院)統壹行使，不受行政機關和立法機關的幹涉，更不受公民個人或非國家機關的社會組織的幹涉。立法機關當然可以監督司法機關，但主要是通過立法手段和法官的彈劾權，不得幹預個案的審理。(2)司法系統內部相互獨立，即壹個司法機關的司法活動不受另壹個司法機關的幹涉。法院的上下級關系只是審級關系。上級法院除依照上訴程序、調卷令等相關程序對下級法院的審判行為進行監督外，不得幹預下級法院的審判。(3)法官獨立審判，只服從法律，也就是說壹個法院內部沒有隸屬關系。法院是法官處理案件的地方。用壹句通俗的話說，法庭上的法官是最大的。用德沃金的話說，法官是法律帝國的王子，法官不服從法律之外的任何其他權威。(4)法官保障制度。這是從社會地位和經濟收入方面來保護法律。法官的地位和待遇來自法律，而不是他的上級。這包括法律規定的法官的職權、不可減免的待遇和工作保障。職位通常有兩種方法:壹種是終身制(英美法的主要做法)；二是文官制度的保障。法官高薪制度也是法官保障制度的內容之壹。事實上，獨特的法律推理模式是現代法治條件下司法運作的重要特征。法律推理有自己的方法和風格，使其區別於科學解釋以及政治、倫理和經濟論證。這種獨特的法律推理模式既保證了同壹法律主體獨特的職業特性，又使法官能夠有效抵禦司法實踐中政治和道德因素的不當滲透，從而維護司法獨立和法治精神。司法中的法律推理是法官按照壹定的程序和原則將待決案件事實置於法律規範的構成要件之下的活動。它有許多特點:
首先，它以嚴密的邏輯體現了形式正義的要求。法律推理作為壹種思維形式，與普通的邏輯推理沒有區別。邏輯的規律表明，任何具有必然性的推理的結論，必然以某種方式包含在前提中；任何不在前提裏的東西都不可能出現在結論裏。從這個意義上說，司法判決本身就存在於法律規範之中，而不是立法者從未預料到的新結論。因此，法律推理的邏輯本質使得法官的司法活動與國家的整個法律體系相壹致。同時，法律推理的邏輯本質也意味著公開規則的平等、無偏見的執行，這是形式正義的基本要求。
其次，用嚴格的程序保障當事人的訴訟權利。司法過程中的法律推理是在具體的訴訟程序中進行的。訴訟程序的意義在於當事人按照法律的順序和方式充分陳述自己的訴訟請求和事實主張，展開辯論，就各項訴訟權利的行使做出理性選擇。在這些程序中，法官在當事人的參與、理解或贊同下，公正地聽取各方意見，整理論據，形成判決。嚴格的程序通過保障公民的程序權利來保證實體權利的享有和適用，也保證了法律推理的合理性和司法程序的民主性。
第三，以價值中立抵禦各種非法律因素的侵擾。壹般來說，法律規範總是承載著壹定的價值，而在壹個價值多元的社會中，立法活動往往是基於價值的權衡和估計。但是，法官對法律規範的解釋和適用不能等同於立法活動，而應獨立於社會上對價值觀的各種爭議和評價；在法律推理過程中，他必須以實現法律規範和內在價值為最高目的，排除政治爭議、道德評價等各種非法律價值因素對司法過程的幹擾。雖然有人對完全意義上的價值中立持懷疑態度，但可以肯定的是，如果法律推理失去了應有的中立性，不僅司法獨立會成為壹句空話，甚至人治的老路也會重走壹遍。