湖泊保護工作的目標管理應當包括執法檢查、巡查、湖泊整治和責任追究。第五條水行政主管部門負責湖泊的保護、管理、治理和監督，依法查處湖泊水域內的違法建設和其他侵占、侵害湖泊的行為。
政府其他有關部門應當按照下列規定做好湖泊保護和管理工作:
(壹)生態環境部門要加強汙水排放管理，依法查處向湖泊排放未經處理或不達標汙水的行為；
(二)園林、林業部門應當根據湖泊保護規劃，編制中心城區湖泊綠化規劃，負責綠化建設，增加綠化面積，形成湖濱綠化帶，依法查處湖泊規劃控制範圍內的違法綠化行為。加強湖泊濕地保護和綠地管護，重點加強濕地自然保護區監管，依法查處破壞湖泊濕地資源和野生動物棲息地等違法行為；
(三)城管執法部門應當加強湖泊水域垃圾渣土、違法建設和環境衛生管理，依據職責查處湖泊外圍和綠地控制範圍內的違法建設和隨意傾倒垃圾渣土行為；
(四)自然資源和規劃部門應當加強湖泊規劃控制範圍內建設項目的規劃管理，依據職責查處湖泊外圍控制和綠地範圍內的違法建設行為；
(五)農業農村部門應當加強漁業生產管理，依法查處湖泊水域範圍內的漁業生產違法行為。第六條水行政主管部門應當按照《條例》的規定，會同有關部門編制湖泊保護規劃，報本級人民政府批準後實施。
湖泊保護規劃是湖泊保護、開發、利用和管理的基礎。任何單位和個人不得違反湖泊保護規劃從事漁業生產、房地產開發、旅遊資源開發等開發利用活動。
水行政主管部門應當根據實際情況對湖泊保護規劃進行修改和調整，並報原批準機關批準。第七條市、區水行政主管部門應當會同有關部門根據湖泊保護規劃劃定湖泊規劃控制範圍。湖泊規劃的控制範圍分為水域、綠地和外圍控制範圍。第八條湖泊水位線是湖泊的最高控制水位；湖泊綠化用地線以湖泊水線為基線，向外延伸不少於50米；湖泊外圍的控制範圍以湖泊綠化用地線為基線，向岸邊延伸不少於500米。
湖泊綠化用地線和外圍控制範圍根據湖泊保護規劃，結合湖泊實際情況劃定。第九條湖泊的水線由水行政主管部門負責劃定，並設立標樁。勘界前，水行政主管部門應當征求負責湖泊保護的有關部門和單位的意見，負責湖泊保護的有關部門和單位應當為勘界和打樁工作提供必要的資料和其他必要的支持和配合。
湖泊綠化的用地線和外圍控制範圍，由水行政主管部門會同園林、林業、自然資源、規劃等部門劃定。
湖泊水線、綠地線和外圍控制範圍確定後，水行政主管部門應當向社會公布。第十條任何單位和個人不得損壞或者移動湖泊界樁，湖泊保護責任單位應當制止損壞和移動界樁，並及時向水行政主管部門報告。第十壹條湖泊保護責任單位的上級主管部門或者區人民政府應當督促湖泊保護責任單位按照《條例》和本細則的規定履行湖泊保護義務。第十二條自然資源和規劃部門應當根據城市規劃和湖泊保護規劃的要求，科學控制環湖建築物、構築物的高度、體量、密度、間距等規劃設計條件。
在湖泊周圍從事建設活動，應當留出湖泊的公共通道，不得影響湖泊的社會公共使用功能，嚴禁破壞湖泊濕地。
嚴禁占用湖泊、建設汙染湖泊的設施和從事餐飲等汙染湖泊的經營活動。第十三條水行政主管部門應當會同有關部門對湖泊規劃控制範圍內的現有建築物、構築物和設施進行清理，對不符合湖泊保護規劃、嚴重影響湖泊保護的，應當采取措施逐步整改。第十四條根據《條例》第九條規定需要占用湖泊的，應當向市水行政主管部門提出書面申請，申請時應當提交下列資料:
(壹)有關部門批準的項目文件和計劃；
(二)項目建設方案(包括擬占用湖泊水域、綠地、外圍控制範圍內的土地等。);
(三)環境影響評價報告和生態環境部門的批準文件。