（壹）子公司的處理
子公司是作為獨立法人，實行獨立核算並獨立申報納稅，是完全獨立的納稅人，承擔全面的納稅義務。
（二）分公司的處理
分公司作為分支機構的壹種，適用總分機構的相關政策。
總機構和分支機構應依法辦理稅務登記，接受所在地主管稅務機關的監督和管理。
增值稅方面
1、分公司（屬於分支機構的組成部分，為便於與文件對接，以下統稱分支機構）銷售貨物、提供加工修理修配勞務的增值稅的納稅地點
根據《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十二條規定，固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。因此，分支機構的增值稅壹般情況下就地申報納稅。
但是，該條同時規定，經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。
《財政部、國家稅務總局關於固定業戶總分支機構增值稅匯總納稅有關政策的通知》（財稅[2012]9號）對上述規定進壹步明確：固定業戶的總分支機構不在同壹縣（市），但在同壹省（區、市）範圍內的，經省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局審批同意，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。省（區、市）財政廳（局）、國家稅務局應將審批同意的結果，上報財政部、國家稅務總局備案。
企業所得稅方面
（1）根據《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》(國家稅務總局公告2012年第57號)（以下簡稱“稅總2012年57號公告”）規定，居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業）。匯總納稅企業實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。
匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。
（2）對於以總機構名義進行生產經營的非法人分支機構，無法提供匯總納稅企業分支機構所得稅分配表，也無法提供“稅總2012年57號公告”第二十三條規定的相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算並就地繳納企業所得稅。
子公司和分公司的關系是什麽？
（壹）分公司分公司與總公司的關系雖然同子公司與母公司的關系有些類似。但分公司的法律地位與子公司完全不同，它沒有獨立的法律地位。
分公司是總公司下屬的直接從事業務經營活動的分支機構或附屬機構。雖然分公司有公司字樣，但它不是真正意義上的公司。因為分公司不具有企業法人資格，不具有獨立的法律地位，不獨立承擔民事責任。
（二）子公司子公司是與母公司相對應的法律概念。子公司具有法人資格，可以獨立承擔民事責任，這是子公司與分公司的重要區別。
母公司、子公司各為獨立的法人並且子公司受母公司的實際控制。根據股東會多數表決原則，擁有股份越多，越能夠取得對公司事務的決定權。母公司控制子公司通常就是基於股權的占有或控制協議。母公司對子公司的壹切重大事項擁有實際上的決定權，其中尤為重要的是能夠決定子公司董事會的組成。