根據《國際海運條例》及相關規定，中國企業法人和境外國際航運公司在中國境內從事NVOCC業務，應向交通部提出申請並提交相關申請材料，取得《NVOCC經營資格登記證》。《國家稅務總局關於國際無船承運業務使用發票有關問題的通知》(國〔2002〕404號)規定，在中國境內註冊並依法取得交通部註冊證書(無船承運業務經營資格)的企業，可以向稅務機關申請領購和使用國際海運專用發票。
有壹段時間，關於無船承運業務收入應按照交通運輸業營業稅(稅率為3%)還是服務業營業稅(稅率為5%)繳納的問題，成為爭論的焦點。
認為應按運輸業稅目納稅的人認為，從事無船承運業務的企業作為承運人接受托運人的貸款，自己簽發提單或運輸證明，向托運人收取運費，承擔承運人的責任，從事運輸經營活動。因此，應根據交通運輸稅項目納稅。
隨著貨運代理企業規模和實力的不斷擴大，其業務範圍也在不斷擴大。部分貨運代理企業除貸款、運輸代理業務外，還從事運輸、倉儲等經營活動。這些經營活動雖然都要繳納營業稅，但屬於不同的營業稅稅目，稅率不同。根據稅法規定，納稅人有不同稅目應稅行為的，應當分別核算不同稅目的營業額；不單獨核算營業額的，適用較高的稅率。因此；貨運代理企業應分別核算各項經營活動取得的收入，避免因會計處理不當而多繳稅款。
認為應按照服務業稅目納稅的人認為，交通運輸業是指利用交通工具或人力、畜力將貨物或旅客運送到目的地，使其空間位置發生轉移的經營活動。NVOCC雖然在NVOCC業務中充當承運人，但並不從事稅法規定的運輸經營活動。在商業活動中，NVOCC只以自己的名義而不是以承運人的名義簽發提單。雖然其收入被稱為運費，但其實際收入仍然是提供運輸作業的組織活動所獲得的服務費收入，無論這種放牧是代理性質的服務費收入還是其他性質的服務費收入。因此，NVOCC商業仍需按服務稅目征稅。
貨運代理企業從事財產租賃、貨物運輸或者倉儲等經營活動的，應當註意印花稅。如機動車輛、機械設備、船舶等。屬於出租的，按財產租賃合同金額的千分之壹繳納印花稅。從事貨物運輸的，按貨物運輸合同金額的0.5 ‰繳納印花稅。從事倉儲保管業務的，按照倉儲保管合同的三分之壹繳納印花稅。未開合同、只開單證、合同不規範的，按照實際計算的金額繳納印花稅。