邊境與海洋事務司工作人員表示，該機構於2009年3月底成立，2009年4月初開始運作，整合了外交部條約法司、亞洲司和歐亞司的相關職能。有若幹個司級工作機構，包括辦公室、綜合辦公室和業務辦公室，分別處理陸地邊界和海洋邊界。外交部發言人馬朝旭在回答記者提問時表示，邊界與海洋事務司的職能原來都是外交部的，但做了適當的整合。作為壹個邊境和海洋大國，設立專門機構處理這方面的外交事務是很正常的。很多國家都有類似的機構，有的比我們高。
“應該說，邊境司的成立是正常的行政措施，醞釀已久。”馬朝旭說。中央財經大學外交學者白雲真告訴記者，這是新中國成立以來，外交部首次設立專門負責邊境和海洋事務的司局級機構。此前，所有相關事務均由外交部條約法律司下屬的邊境處主持，並與其他部門組成聯合臨時機構處理。