農民工在工作中遭受工傷，但不能申請工傷認定的，可以采取以下措施:
1.尋求法律援助:可以咨詢律師或相關法律機構，了解自己在這種情況下是否有權申請工傷認定。
2.收集證據:盡可能收集與工傷相關的證據，如病歷、證人證言等，以證明自己的傷情和工作情況。
3.尋求社會支持:可以向工會、勞動監察部門或相關組織尋求幫助和支持。他們可能會提供法律援助或幫助妳解決問題。
4.尋求調解:如果無法通過法律途徑解決問題，可以嘗試與用人單位或相關機構進行調解，找到雙方都能接受的解決方案。
綜上所述，農民工受到工傷但無法申請工傷認定的，可以通過尋求法律援助、收集證據、尋求社會支持、尋求調解等途徑維護自身權益。
法律依據:
《中華人民共和國勞動法》第五十三條規定:“在勞動過程中因工傷造成人身傷害或者死亡的，應當認定為工傷。”所以，農民工在工作中受到工傷，應該有申請工傷的權利。如果不能申請工傷認定，可以按照上述辦法維護自己的權益。