1.員工擅自離職的，限制員工在規定時間內復工，並提出逾期不上班等處理措施；
2.員工擅自辭職達到辭退標準的，用人單位應當公示解除勞動關系事項，通知其前來辦理交接和辭職手續；
3.勞動者違反勞動合同約定的保密義務或者競業限制，給用人單位造成損失的，用人單位可以申請仲裁，要求勞動者賠償損失。
壹、辭退員工的具體流程如下:
1.決策人應當提交解散申請；
2、人事部門填寫《解除勞動合同審批表》並報主管審批；
3.通知部門和員工辦理工作交接，歸還工具和設備；
4、有關部門與員工進行工資福利結算及其他未了事項等。；
5、員工在結算工資和支付經濟補償金的財務手續上簽收；
6、為員工辦理黨、團、工會組織關系和檔案的轉移手續；
7.為員工辦理社會保險轉移表和公積金轉移手續；
8.向員工出具勞動合同終止證明。
綜上所述，員工擅自離職，用人單位應當以書面形式送達通知，限定員工在規定時間內復工，並提出在規定時間內不上班的處理措施。其次，員工擅自離職，達到辭退標準時，用人單位應將解除勞動關系的事項進行公示，並以書面形式向員工發出離職通知，通知其前來辦理交接和離職手續。
法律依據:
中華人民共和國勞動合同法
第三十七條
勞動者提前30日以書面形式通知用人單位，可以解除勞動合同。勞動者在試用期內提前三日通知用人單位，可以解除勞動合同。
工資支付暫行規定
第七條
工資必須在雇主和雇員商定的日期支付。如遇節假日或休息日，應在最近的工作日提前支付。工資每月至少發放壹次，實行周、日、小時工資制的，可以按周、日、小時發放工資。
第十六條
因勞動者自身原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可以按照勞動合同的規定要求其賠償經濟損失。經濟損失賠償可從員工本人工資中扣除。但每月扣除額不得超過員工當月工資的20%。扣除的富余工資低於當地月最低工資標準的，按照最低工資標準支付。
中華人民共和國勞動法
第五十條
工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得克扣或者無故拖欠勞動者的工資。