庭審中，有人質疑臺灣省戰犯和日軍的身份。5月1947，13日，廣州中山日報發表崔龍文的文章《論臺灣省犯人戰時不應犯戰爭罪》，指出:“臺灣省犯人是戰犯的說法實在不妥。因為敵人被稱為戰犯，臺灣省人民是我們的同胞，不是敵人。如果臺灣省人在戰時充當敵人的爪牙，依仗他們的力量危害人民，就應該視為漢奸，而不是戰犯，界限是分不開的。”日本士兵犯下的民事罪行也由軍事法庭審判。1946年8月，廣州法院審理了日軍上尉副官川久保·龜井及其手下6名士兵壹案。1944年9月從梧州撤至廣州期間，陳國星、吳東明、賀誌強三名中華兒女在開平被綁架，被迫充當夥夫。日本投降後，日軍於9月16日開到集中營。川久保和其他人把三個孩子藏在車裏。途中因車禍糾紛，中國警察出面解決時，發現藏在車上木箱裏的中國小孩，他們將把7名日本士兵和小孩壹起繩之以法。10 6月5438+05日，廣州軍事法庭審理此案，日軍辯稱三個孩子不是被拐賣，而是受委托在梧州帶回廣州。軍隊裏沒有強迫勞動。65438年2月5日，法院宣判，川久保等三人以強迫人民服苦役罪，各被判處三年有期徒刑，其他三人無罪釋放。
據國民政府主席廣州興元軍事法庭審判記錄統計，廣州法院共審判判刑日本戰犯166人，其中死刑51人，無期徒刑16人，有期徒刑44人，無罪釋放55人。