丹霞山管理機構負責具體保護、利用和統壹管理。第六條廣東省人民政府和韶關市人民政府應當將丹霞山保護管理納入國民經濟和社會發展規劃，保護管理經費由廣東省人民政府和韶關市人民政府按照財政體制共同承擔。
鼓勵多渠道、多種形式籌集資金，建立丹霞山保護專項資金。第七條任何單位和個人都有保護丹霞山的義務，並有權制止和舉報破壞丹霞山自然資源、人文資源和生態環境的行為。
廣東省人民政府和韶關市人民政府應當對在丹霞山保護管理工作中做出突出貢獻的人員給予表彰和獎勵。第二章規劃與建設第八條丹霞山總體規劃和詳細規劃由廣東省人民政府建設主管部門組織，會同韶關市人民政府等有關部門依據國家法律、法規和技術規範進行編制，並按規定程序報批。第九條經批準的丹霞山規劃，應當向社會公布；任何單位和個人不得違反或擅自更改。確需調整或修改的，應按原審批程序辦理審批手續。第十條丹霞山(含駐地農村)新建、擴建、改建項目，應當符合規劃，並經丹霞山管理機構審核後，依法辦理審批手續，取得相應許可證後，方可施工。
丹霞山宗教活動場所的規劃、建設和修繕應當符合丹霞山總體規劃和詳細規劃。
韶關市人民政府城鄉規劃建設主管部門應當制定具體管理辦法，對丹霞山建設進行監督檢查。第十壹條丹霞山內的建設項目不得破壞周圍環境。建築物、構築物的形式、布局、高度、體量、造型和色彩應當與周圍景觀和環境相協調。第十二條在丹霞山施工的，施工單位應當在施工前制定施工現場周圍環境和森林、竹林、植被、水體、巖石、濕地、文物古跡、景觀農田等資源的保護方案。
施工過程中，應當采取有效措施，防止對地質遺跡、生態環境和人文景觀的汙染和破壞。竣工後，應及時恢復環境原貌。第十三條在丹霞山建設通信基站、發射塔、電網、水網，必須符合規劃，經環境影響評價和地質災害風險評估，並經丹霞山管理機構審核同意後，依法辦理審批手續。第十四條韶關市人民政府應當限期拆除或者搬遷丹霞山內不符合規劃的建設項目。對違法建設項目不予補償。第三章保護與管理第十五條丹霞山的保護範圍分為特級、壹級、二級、三級保護區和景觀環境保護區。
超級保護區是充分反映丹霞山地質、地貌、遺跡和自然景觀的區域，包括金龜巖-金龍山、大石山和大湖坑。
壹級保護區是超壹級保護區以外的典型丹霞地貌分布區，包括丹霞景區大部分、金桂巖、大石山超壹級保護區外圍、飛花水景區中部、仙人集景區南部、五馬山社區等。
二級保護區是壹級保護區的外圍，起到保護和緩沖壹級保護區的作用。包括大多數山谷盆地和丘陵地區。
三級保護區在丹霞山，但在以上各級保護區之外。
景觀環境保護區為三級保護區與外圍公路之間的丘陵平原區。第十六條丹霞山管理機構應當根據保護範圍設立永久性界樁或者其他界樁。任何單位和個人不得移動或者損壞。第十七條超級保護區禁止壹切影響景觀和生態環境的人工建設和其他活動。
壹級保護區內禁止建設度假村、賓館、招待所、培訓中心、養老院等服務設施，除總體規劃確定的道路外，禁止修建公路。
二級保護區內嚴格限制與風景遊覽無關的建設。
三級保護區內可建設必要的旅遊服務點，但限制建設度假村。
禁止在景觀環境保護區內建設汙染環境和燒荒地的項目，禁止開辟用材林生產基地。