壹是稅務登記不完善，容易導致投資信息難以追蹤的風險，導致少繳稅款。據調查，壹些合夥基金由於不熟悉稅收政策，未能及時進行稅務登記。有些註冊稅務的合夥基金是隨意註冊的，很多基金只在地稅部門註冊稅務，不在國稅部門註冊。對於已進行國稅登記的基金，信息相對有限，尤其是投資信息披露較為簡單，缺乏對投資人、投資金額、投資收益、分紅等信息的備案和披露，對於基金投資人的稅務管理極為被動，容易導致監管漏洞。尤其值得註意的是，隨著“營改增”的推進，壹些基金的業務屬於“營改增”範圍，但並未參與“營改增”，留下了很大的稅收風險。
江蘇省蘇州工業園區地稅局做好了股權投資企業的稅務登記工作。該局曾出臺《股權投資企業項目稅收管理辦法》，要求凡在蘇州工業園區工商登記註冊且名稱核定達標的公司，即名稱中包含股權投資/創業投資股份有限公司(有限公司)；股權投資/風險投資有限合夥(普通合夥)；股權投資管理/風險投資管理股份有限公司；本辦法適用於股權投資管理/創業投資管理有限合夥企業(普通合夥)等創業投資企業。本辦法所稱股權投資登記包括初始登記和特定事項登記。其中，初始登記包括資金登記和投資項目登記，投資項目登記生成的項目管理代碼作為項目詳細申報、涉稅事項備案審批、認證和認證管理等涉稅事項的唯壹識別碼。所有股權投資登記事項均通過蘇州工業園區創業投資稅收管理信息系統進行。辦法還要求，創業投資企業除按現有各項稅收申報管理規定進行日常申報外，還應進行項目核算，通過蘇州工業園區創業投資稅收管理信息系統按投資項目申報項目詳細信息，並保留相關資料原件，供主管稅務機關核查。創業投資企業對其聲明的真實性、合法性和完整性負責。股權轉讓過程中發生的股權投資基金管理費、相關稅費和中介費用應當取得合法有效憑證，不能提供合法有效憑證的，不得在稅前扣除。
二是基金核算不規範，容易導致會計信息不透明的管理風險。調查發現，目前基金項目存在監管漏洞，部分私募基金的基金經理存在“兩套賬”；私募基金不獨立運作、不按規定設立獨立賬戶，基金管理機構與投資基金主體之間存在互開發票、混列費用等亂象。監管機構無法掌握基金的投資收益、分紅等財務狀況，基金管理人沒有義務向公司投資者代扣代繳資金。因此，監管機構對基金投資者中企業投資者的監管存在壹定的稅收風險。
三是對“先稅後稅”的理解不到位，容易導致投資者納稅滯後的風險。根據91和159號文件，合夥企業不是所得稅繳納主體，而是應納稅所得額的核算主體。“先分後稅”原則體現了與企業所得稅制不同的“穿透式”稅制理念。在穿透式稅制下，合夥人不同於股東。在每個納稅年度，無論合夥企業是否分配，合夥企業的經營成果都必須在合夥人(投資人)之間進行計算和分配，合夥人都應相應納稅。也就是說，不管分配多少，合夥人都要和自己的經營收入壹起納稅。但在實踐中發現，壹些私募股權投資者將“稅前分配”的“分配”理解為分配而非分割，普遍存在不分紅、不納稅的現象。隨著投資基金尤其是PE、VC規模的擴大，投資標的屬於朝陽產業，投資周期較長。壹般投資者投資5年以上才會分紅，投資者的遲繳稅風險也在逐漸加大。
目前合夥人對先分後稅有片面的認識，確實存在嚴重的納稅滯後風險。許多投資者的財務人員認為，只有當合夥企業分配其合夥人時，才會產生納稅義務。比如，壹些自然人通過設立合夥企業持有上市公司股份，未來壹旦合夥企業減持上市公司股份，就形成收益，而不是等著合夥企業將實際的股票收益分配給合夥人。
第四，投資者身份無法“穿透”，很可能帶來收益被稅收優惠錯誤享受的風險。對於有限合夥形式的私募股權基金，現行稅收法律法規對於基金在向合夥人分配投資收益時是否會保留原有屬性並按原有屬性征稅成為關註焦點。根據企業所得稅法及有關規定，居民企業直接投資於其他居民企業取得的股息、紅利等股權投資所得，屬於免稅所得。但作為基金的合夥人，居民企業通過基金投資其他居民企業取得的股息、紅利屬於間接投資，企業所得稅法規定的免稅收入屬於“直接”收入，而非“間接”收入。因此，合夥制私募基金雖然根據“實質重於形式”的原則，具有“投資渠道”的形式特征，但現行稅法並未真正賦予其“渠道”的主要含義，因此無法享受。在稅法沒有做出進壹步明確規定之前，這是造成欠稅的壹個重要的稅收風險點。